Misija Centra, a ranije Fakulteta, razvijala se tijekom proteklih desetljeća, no u bitnome se naslanja na Vlačićevu misiju širenja i razvijanja reformacijskih istina i ideja te na potrebu za obrazovanjem župnika, svećenika, pastora, teologa i drugih crkvenih službenika koji će djelovati na ispunjavanje te vizije.
Ta se temeljna misija, naravno, kontinuirano nastoji uklopiti u kontekst suvremenog hrvatskog društva i pretočiti u odgovarajuću viziju, pa se može opisati i kao težnja da Centar u okvirima hrvatskog društva bude prostor u kojem se:
▶ promiče opća teološka kultura i obrazovanje
▶ istražuje i promiče reformacijska baština
▶ afirmira i razvija ekumenska misao
▶ istražuju i unapređuju vjerske slobode, ljudska prava i kršćansko mirotvorstvo
Ovakva vizija zahtijeva definiranje konkretnih djelatnosti, a među njima se nalaze:
▶ znanstveno-istraživački rad u polju teologije, te u području s teologijom povezanih humanističkih i društvenih znanosti
▶ izvođenje nastave na prijediplomskim, diplomskim i poslijediplomskim studijima u polju teologije, uključujući i obrazovanje crkvenih službenika
▶ praktična primjena znanstvenih spoznaja i unapređivanje kulture dijaloga u projektima povezanima s teologijom, religijom, kulturom i širom društvenom zajednicom
▶ međunarodna suradnja
▶ edukacijsko-medijska promocija znanstveno-istraživačkih, nastavnih i drugih spoznaja i postignuća
▶ izdavačka djelatnost
▶ popularizacija teološkog obrazovanja, posebice u kontekstu crkava reformacije i reformacijske baštine
Plan razvoja
Centar planira uključivanje u sveučilišne europske međunarodne programe razmjene studenata i nastavnika, a istovremeno će nastaviti i razvijati postojeću višegodišnju suradnju s inozemnim predavačima s raznih ustanova iz Europe i SAD-a. Od akademske godine 2018./2019. studentima je omogućeno da stručnu praksu obavljaju i u inozemstvu, a u planu je i dodatno razvijanje takvih mogućnosti.
Na znanstvenom području intenzivno se radi na izgradnji suradnje s mrežama europskih i američkih partnera radi nabave i proširenja knjižnog fonda, te uspostave knjižnično-informacijskog sustava prilagođenog suvremenim standardima.
Dakako, nakon konstituiranja Centra, otvorile su se i nove mogućnosti suradnje na akademskoj razini, pa su trenutno u tijeku dogovori i počeci implementacije nekoliko međunarodnih znanstvenih projekata.
Povrh toga, a sukladno suvremenim svjetskim trendovima prema kojima je vidljivo da sve veći broj studenata teologije pripada drugoj i trećoj životnoj dobi, Centar je započeo razvijati program cjeloživotnog obrazovanja u koji su uključeni domaći i inozemni partneri i podupiratelji. Početak implementacije tog obrazovnog programa planira se u sljedećem trogodišnjem razdoblju.