Plan o usustavljenju dokaza o tome kako je tijekom cjelokupne povijesti kršćanstva, čak i u najmračnijem razdoblju vladavine Rimske crkve, postojalo onih sedam tisuća ljudi koji se nikada nisu pokorili Antikristu i Baalu, Vlačić je počeo graditi pripremajući se za pisanje Kataloga, neprestano proširivanog popisa pojedinačnih „svjedoka istine“. U proljeće 1553. godine, u pismu frankfurtskom pastoru Hartmannu Beyeru, on iznosi plan za svoja glavna dva povijesna djela: s jedne strane imao je to biti katalog svih poznatih kršćana koji su već prije Martina Luthera nešto rekli, napisali ili osjećali protiv papinskih zabluda i zloporaba, a s druge povijest Crkve „od Krista do naših dana“, u kojoj će se, kako će kasnije istaknuti i u njezinu predgovoru, prikupiti izvori koji će pokazati „bilo kakve tragove povijesti Crkve i osobito gole istine i čišćeg nauka, ili nam pokazati pećine, da tako kažem, u kojima se u svim vremenima skrivalo onih sedam tisuća iz straha od one rimske Jezabel ili Taise, a da ipak pred njom nisu pokleknuli“. U pismu se poziva na koncept (scheda) te crkvene povijesti koji prilaže navedenom pismu, kao i na nešto dužu verziju (gdje se poimence navode izvori koje namjerava koristiti u radu), koju je priložio pismu Casparu Nidbrucku krajem 1552. godine.

Ovih se smjernica Vlačić pridržavao u obama djelima, neprestano ističući dva aspekta na koja će se usredotočiti pišući svoju povijest Crkve: s jedne strane bila je to sveobuhvatnost i preciznost historiografskog rada, a s druge stvaranje čvrste poveznice između njegova vlastitog doba i prvobitne, apostolske Crkve u dalekoj prošlosti, s naglaskom na vremenu između ta dva razdoblja kao na otklonu od prave vjere, u kojemu se Crkva sačuvala samo zahvaljujući šačici iskrenih i postojanih vjernika. Ta poveznica imala je dokazati kako Luther nije uveo nikakav novi nauk, nego je vratio kršćanstvo na pravi, izvorni put, a Vlačić je to namjeravao i dokazati navođenjem autoritativne povijesne dokumentacije. Imao je to biti konačni odgovor na davne optužbe Rimske crkve još od početaka Lutherova djelovanja i Johannesa Cochlaeusa, rimokatoličkog teologa i sudionika vjerskih razgovora u Wormsu 1521., i njegova Komentara o djelima i spisima Martina Luthera, da su „Lutherovi sljedbenici prevrnuli sve stare knjižnice, a ipak nisu uspjeli pronaći niti jednog jedinog crkvenog učitelja u svim tim dugim stoljećima koji bi podržavao Lutherova učenja.“ Protiv iste optužbe morao se braniti već Melanchthon, protiv kojega je Cochlaeus 1543. godine napisao da „nije u stanju navesti nikoga unatrag kroz sve vijekove svijeta koji bi se u bilo čemu slagali s Lutherom ili njegovom sektom.“ Trebalo je, dakle, iznova prevrnuti sve te stare knjižnice.

Nakon što je prikupio odgovore nekolicine relevantnih teologa na odaslani koncept, Vlačić je početkom 1554. proizveo duži i specifičniji plan rada na projektu, koji nosi naziv Konzultacija o pisanju točne i učene povijesti Crkve. Tu se dodatno razrađuje svrha projekta, predlaže kronološka i tematska podjela djela i navode tipovi povijesne građe koju treba konzultirati. Kao i današnji prijedlozi projekata, Konzultacija je također sadržavala preliminarnu razradu financijske strukture, kao i iskaz o korisnosti takve knjige za univerzalnu publiku, budući da je trebala uvjeriti potencijalne sponzore u svrhovitost tako opsežnog i skupog projekta. Tu se stoga ističe kako ovakva integralna povijest Crkve nema presedana i argumentira u prilog formi kompilacije kao „riznice“ iz koje se može crpiti znanje po potrebi. Vlačić ističe kako bi svaki kršćanin trebao imati solidno znanje o povijesti Crkve kako bi se obranio od zabluda; a budući da su izvorni tekstovi teško dostupni, Centurije su trebale poslužiti kao arsenal znanja kojim će se pobiti papinska učenja.

Kako bi se takvo korištenje ovog masivnog djela olakšalo čitatelju, svesci su bili opremljeni sadržajem, brojevima stranica te kazalima imena, mjesta, pojmova i biblijskih mjesta, što znatno ubrzava snalaženje i modernom znanstveniku. Jer nova crkvena povijest imala je biti priručnik prije nego knjiga koja se čita od početka prema kraju. Uviđajući da vladarima i učiteljima nedostaje potrebnog znanja kako bi se suprotstavili napadima protivnika, a obilje povijesnih spisa je takvo da je pojedincu teško u njima se snaći i sve ih poznavati, Vlačić smatra da je kompilacija idealna forma kojom će se vjernika podučiti i osnažiti. Pritom se Vlačićeva metoda izdvaja po tome što se umjesto na pojedince i njihove osobne zasluge ili zablude usredotočuje na procese i stadije u razvoju kršćanskog nauka u pojedinim povijesnim razdobljima, jer prethodni su povjesičari, kako on smatra, često gubili nit: tako „opisuju ponekad sporove između nekih vjerskih dogmi, ali ne oslikavaju brižljivo koliko bi trebalo niti formu istine niti onu zablude te se na koncu jedva može razaznati što su smatrali neki heretici ili koje su zablude oci osudili na kojim koncilima“ (Consultatio). Usmjerenost crkvene historiografije na moralne primjere koji nadilaze povijesnu uvjetovanost gura u drugi plan daleko važniji zadatak, a to je poduka u kršćanskom nauku: tako Vlačić i Euzebija Cezarejskog kritizira zbog toga što je gotovo potpuno izostavio dogmatska razmatranja iz svoje povijesti Crkve, iz čega se stječe dojam da je biti kršćanin isto što i biti moralno ispravan čovjek.

Čitati o povijesti kao o „rogu izobilja“ (cornu copiae) i „riznici“ (thesaurus) raznježit će svakog povjesničara, čak i ako ne odobrava Vlačićev program dokazivanja ispravnosti i drevnosti luteranskog nauka, njegovo postavljanje doktrine u središte kao organizacijskog principa povijesti ili pak metodu usredotočenu na „opća mjesta“ (loci communes). Najveća vrijednost Centurija počiva u tome što bi znatan dio europske kulturne povijesti nestao i pao u zaborav da nije bilo preciznog i detaljnog rada Centurijatora, koji su marljivo – „poput pčela“, kako ističe Vlačić – prikupljali i najsitnije čestice povijesnog sjećanja i ugradili ih u svoje monumentalno djelo.

U svrhu pisanja velike povijesti Crkve Vlačić je već početkom 1550-ih godina počeo prikupljati izvornu građu – rukopise kasnoantičkih i srednjovjekovnih autora – a sredinom desetljeća planirana struktura djela poprimila je konkretnije oblike, iako vrlo postupno i često gubeći jasan smjer. Ove „radne dokumente“ detaljno je prikazao Ronald Diener, počevši od „Prosudbe o metodi“ (Iudicium de methodo) iz ožujka 1555., naslovljene na Nidbrucka, koja je još „u kondicionalu i konjunktivu“, puna „nejasnih prijedloga“ i „bombastičnih neusklađenosti“ (Diener) te za koju i nije izvjesno da cjelokupno, pa čak ni djelomično potječe iz Vlačićeva pera. Slijedi prvi konkretan nacrt (Methodus historiae ecclesiastice koji Diener naziva Methodus I), pripremljen za radnu sjednicu kolegija 16. veljače 1556., u kojem je predviđena i podjela na četiri ili pet svezaka (volumina) unutar kojih će se zasebne knjige (libri) baviti pojedinim stoljećima. Od osobite je važnosti dvodijelna struktura koju je trebala slijediti svaka od tih knjiga, naime skup poglavlja koja bi se bavila općenitim temama koje se tiču cjelokupne Crkve (npr. o formi nauka, o zabludama i herezama, o obredima, o crkvenom vodstvu) i zatim drugi sa specifičnim temama (npr. o koncilima, o poznatijim biskupijama, o pojedinim hereticima, o mučenicima pa i o židovstvu i religijama izvan Crkve, kao što su poganstvo, islam i sl.). Kako ističe Diener, u kasnijim radnim nacrtima takva je striktna podjela otpala, no zadržana je razlika između općih i specifičnih poglavlja.

Vlačić se postupno povlačio iz projekta i učestale su trzavice između njega i uredništva. Wigandovo pismo iz veljače 1558., doduše, upućuje na neprekinutu i blisku suradnju na projektu, ali se urednički kolegij sada sastoji od četiriju osoba među kojima Vlačića više nema: uz Johannesa Wiganda tu su Ebeling Alemann, Martin Köppe i Matthias Judex. U posljednjoj, trinaestoj centuriji Vlačićevo ime nedostaje i u impresumu.

Prvi svezak Centurija (puni naslov: Ecclesiastica Historia integram ecclesiae Christi ideam quantum ad locum, propagationem, persecutionem, tranquillit., doctrin., haereses, ceremonias, gubernationem, schismata, synodos, personas, miracula, martyria, religiones extra ecclesiam : singulari diligentia et fide ex vetustissimis et optimis historicis, patribus et aliis scriptoribus congesta per aliquot studiosos et pios viros in urbe), iz kojega donosimo predgovor, tiskan je u Baselu kod Johannesa Oporina, što se može objasniti ranijom suradnjom (ondje je tiskan i Vlačićev Katalog svjedoka istine) kao i izvrsnom opremljenošću njegove tiskare za tako golem projekt koji je uz to sadržavao isječke iz brojnih srednjovjekovnih tekstova. Centurije su tiskane od 1559.-1574. godine i obuhvaćaju povijest Crkve do 13. stoljeća.

Projekt Centurija okončan je preuranjeno s trinaestom Centurijom, iako je u Wolfenbüttelu sačuvana fragmentarna građa za preostale tri, a Wigand je obavio i određene pripreme za najzahtjevniji svezak, koji je trebao prikazati suvremeno razdoblje i samu reformaciju: Heinz Scheible navodi kako je sačuvan upitnik, pisan Wigandovom rukom, koji je trebao biti odaslan istaknutim suvremenicima kako bi se povijest reformacije što točnije prikazala, a Wigand se obratio i Hartmannu Beyeru 1566. s molbom za informacije o reformaciji u Frankfurtu i Nicholasu Gallusu 1568. kako bi mu poslao jednu knjigu. No Wigand je tek u veljači 1576. započeo pisati uvod i poglavlje o širenju reformacije, ali je u kolovozu zastao na 1524. godini zbog pomanjkanja materijala i do svoje smrti u listopadu 1587. napisao je relativno malo.

Istodobno su prve tri Centurije prevođene na njemački kako bi bile dostupne široj publici i vjerojatno kako bi se na taj način potpomoglo financiranje projekta, jer iz Wittenberga su neprestano pristizale klevete kako tu povijest Crkve nitko neće čitati i kako je Vlačić samo potratio novac sponzora te je čak postalo potrebno demantirati takve glasine u nizu „apologija“. Prva tri sveska prijevoda objavljena su 1560. godine u Jeni, kod tiskara Thomasa Rebarta. U ožujku 1560. Wigand i Judex javljaju Oporinu kako je i četvrta Centurija prevedena na njemački, a našla je sponzora u Wilhelmu V., vojvodi od Kleve-Jülich-Berga (1516.-1592.), koji je simpatizirao s reformacijom iako je do kraja aktivne vladavine nije uspio uvesti na svom području.

Istodobno se znatno usporio i rad na latinskim Centurijama te su 10. i 11. svezak objavljeni tek u rujnu 1567. godine. Razlozi nisu bili samo financijske prirode: kako doznajemo iz jednog Wigandova pisma poslanog iz Rostocka nekadašnjem učeniku Conradu Agriusu, koji je i sam od 1558. godine djelovao kao collector za Centurije, rad su usporavala i druga Wigandova zaduženja, osobito vizitacije i teološki sporovi, kao i kuga, od koje su umrla čak dva „prikupljača“.

Dakako, rimokatolička reakcija na historiografski rad reformatora, osobito na Centurije, nije izostala. Pritom su Vlačićevi historiografski protivnici ponekad planski, a ponekad možda i nehotice slijedili njegovu metodu: na primjer, sastavljajući katalog, popis ili kronološki pregled koji će kasnije razraditi u obliku opsežnog povijesnog djela, ili pak odgovarajući na Vlačićeve spise jednakom mjerom i formom. Među njima svakako treba spomenuti Crkvene anale talijanskog kardinala i vatikanskog knjižničara Caesara Baroniusa, koji u dvanaest folio svezaka pokrivaju prvih dvanaest stoljeća crkvene povijesti (do 1198. godine), budući da su trebali izričito poslužiti kao službeni odgovor Rimske crkve na Magdeburške centurije i u katoličkom su svijetu doista odjeknuli kao najveće historiografsko djelo ikada stvoreno te su dobili i svoje nastavljače.