Vlačićeva Apologija upućena školi u Wittenbergu o pitanju adijafora objavljena je na latinskom i njemačkom jeziku 1549. godine. Varijante na dvama jezicima, latinskom i narodnom, bile su namijenjene različitim publikama – s jedne strane učenim kolegama teolozima, a s druge širem čitateljstvu vičnijem narodnom jeziku i osobito utjecajnim svjetovnjacima koje je bilo važno imati na svojoj strani.

U skladu s pravilima žanra kršćanske apologetike, Vlačić se ovdje ne stavlja u defenzivni položaj optuženika, nego koristi apologetsku formu kako bi istaknuo ispravnost vlastite pozicije u odnosu na optužbe. Iako kroz Apologiju osjećamo duh ranog kršćanstva i razdoblja progona, protivnici čije je neprijateljstvo osobito boljelo Vlačića nisu bili rimokatolici, koji su u to vrijeme, nakon vojnog poraza protestantskog Schmalkaldskog saveza, carskim Interimom željeli vratiti u njemačke zemlje većinu katoličkih praksi, nego je prvenstveno ogorčen zbog izdajničkog stava teologâ wittenberškog sveučilišta na čelu s njegovim nekadašnjim učiteljem i velikim uzorom Melanchthonom. I latinska i njemačka verzija tiskane su u Magdeburgu, kamo je Vlačić preselio iz Wittenberga u proljeće te godine uslijed spomenutog sukoba oko Interima, a niz spisa koje je tih godina objavio istim povodom označuju i početak Vlačićeve plodonosne produkcije kao oštrog polemičara. Latinska verzija Apologije objavljena je kod Michaela Lottera, a njemačka kod Christiana Rödingera, poznatih i vrlo cijenjenih magdeburških tiskara koji su objavili i brojne druge Vlačićeve polemičke spise u vrijeme dok je ondje živio i djelovao.

Ovo nije jedini Vlačićev spis koji nosi naslov Apologia, odnosno Entschueldigung, kao i druge slične oznake koje u ovim slučajevima ne čine razliku u sadržaju, kao što su Antwort, Bekenntnis, Widerlegung, confutatio, defensio, excusatio i tako dalje, no spis o kojem ovdje govorimo ima toliko izražene autobiografske elemente da možemo reći da služi i obrani osobe kako smo to napomenuli u uvodnom dijelu. Već iz naslova doznajemo i da se radi prvenstveno radi o adijaforama (njem. Mitteldinge, lat. res mediae), temi kojoj se Vlačić posvetio u čitavom nizu spisa i koja je bila usko povezana sa spremnošću Wittenberžanâ na kompromis. Naime, u nastojanju da pronađu ključ po kojem će, kako je smatrao Vlačić, omogućiti povratak rimokatoličkih praksi na mala vrata, pribjegli su konceptu adijafora, odnosno onih oblika djelovanja za koje je svejedno hoće li ih čovjek prakticirati ili ne, jer o tome ne ovisi čovjekovo spasenje. Apostol Pavao naglašavao je tu slobodu izvanjskih praksi ne ustrajući ni na kakvim formalnim smjernicama u kršćanskom štovanju osim toga da sve bude „dostojno i uredno“. No dakako, takva neodređenost ostavljala je previše prostora za interpretaciju, a Vlačić je smatrao da kada se radi o vjeroispovijedanju i njegovoj povredi, ništa nije adiaphoron. Vremena progona i opasnosti po istinsku kršćansku crkvu nisu vremena za popustljivost, i tu dolazimo do druge velike teme koja se provlači kroz Apologiju – paralelizam između progona u doba ranog kršćanstva i progona pravih kršćana u njegovo vlastito doba.