Sporazumom Teološkog fakulteta Matija Vlačić Ilirik te Sveučilišta u Zagrebu 2009. godine pokrenut je proces verifikacije studijskih programa preddiplomskog i diplomskog sveučilišnog studija Protestantska teologija . Sveučilište i Fakultet suglasili su se da zajednički sudjeluju u pokretanju i izvođenju tih studijskih progarama te da koordinator izvođenja bude Teološki fakultet Matija Vlačić Ilirik. Nakon dugotrajnog procesa koji je uključivao niz sastanaka i vijećanja različitih tijela Sveučilišta ovaj proces je završen u studenom 2010. godine kada je Senat Sveučilišta na svojoj sjednici donio konačnu Odluku o osnivanju i izvođenju ovog studijskog programa. Temeljem te Odluke predviđa se izvođenje ovog programa na preddiplomskoj i diplomskoj razini. Nositelj studija je Sveučilište u Zagrebu, a izvodi se na Sveučilištu u Zagrebu i Teološkom fakultetu Matija Vlačić Ilirik. U dogovoru sa Sveučilištem u ožujku ove godine utvrđeni su kriteriji upisa i upisne kvote.

Preddiplomski sveučilišni studij Protestantska teologija traje tri godine. Završetkom preddiplomskog studija  stječe se 180 ECTS bodova i akademski naziv baccalaureus (prvostupnik) teologije/ baccalaurea (prvostupnica) teologije . Prijave za upis u prvu godinu ovog studija vrše se putem sustava NISpVU (Nacionalni informacijski sustav prijava na visoka učilišta) – http://www.postani-student.hr . (Detaljnije informacije o ovome - http://www.tfmvi.hr/upisi/upisi-2011-2012.html).

Diplomski sveučilišni studij studij Protestantska teologija traje dvije godine. Završetkom diplomskog studija stječe se 120 ECTS bodova i akademski naziv magistar teologije /magistra teologije .