Teološki fakultet "Matija Vlačić Ilirik" sa sjedištem u Zagrebu osnovale su Evangelička crkva i Savez baptističkih crkava, a s radom je počeo na Dan Reformacije 31.listopada 1976. godine. Prozvan po najglasovitijem protestantskom teologu s hrvatskih prostora, Teološki fakultet "Matija Vlačić Ilirik" služi u prvom redu crkvama Reformacije i reformacijske baštine, te nastavlja kontinuitet reformacijske teološke misli.
Osim obrazovanja pastora i teologa, Fakultet za cilj ima u našem društvu promicati opću teološku kulturu, istraživati i promicati ekumenizam, ljudska prava i kršćansko mirotvorstvo, te uspostavljati povezanost hrvatskih teologa s teološkim znanstvenicima i ustanovama u svijetu. Od svibnja 2001. godine Fakultet posjeduje Dopusnicu za početak obavljanja djelatnosti kao Visoko vjersko učilište s pravom javnosti.

Temeljem odluke Senata Sveučilišta u Zagrebu na sjednici održanoj u studenom 2010. godine predviđa se pokretanje dvaju novih studijskih programa: preddiplomski svečilišni studij Protestantska teologija u trajanju od tri godine te diplomski sveučilišni studij Protestantska teologija u trajanju od dvije godine. Nositelj studija je Sveučilište u Zagrebu, a izvodi se na Sveučilištu u Zagrebu i Teološkom fakultetu Matija Vlačić Ilirik.

Program studija usklađen je sa standardima Bolonjskog procesa, a posebice s programima uglednih, inozemnih teoloških fakulteta (osobito s područja EU). Tako npr. koncept studija slijedi osnovnu podjelu teologiju na pet područja (Stari zavjet, Novi zavjet, sustavna teologija, povijest crkve i teologije, te praktična teologija), kao što je to slučaj na sveučilištima u Tübingenu, Heidelbergu i Berlinu. Osim toga, program je usporediv i komplementaran studijima teologije koji se izvode na katoličkim bogoslovijama u Hrvatskoj.